PRM靶向定量

PRM（平行反应监测，Parallel Reaction Monitoring）目前靶向蛋白质组学数据采集的主流方法，通过对特异性肽段或目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/修饰肽段的靶向相对或绝对定量。

技术原理

PRM技术基于高分辨率、高精度质谱仪（如Q-Exactive HF-X等），首先利用四级杆质量分析器的选择检测能力，选择性地检测目标肽段的母离子信息；随后在HCD碰撞池中碎裂；最后进入高分辨、高质量精度的Orbitrap分析器中，检测所选择的母离子窗口内的所有碎片的信息。这样即可对复杂样本中的目标蛋白质/肽段进行准确地特异性分析。

技术优势

PRM结合了四级杆的高选择性以及Orbitrap的高分辨、高精度特性，优势在于：(1) 高分辨子离子监测，最大程度地排除了背景干扰；(2) 二级为全扫描，无需事先确定离子对和优化碰撞能量，只需要在数据处理时选择响应最高的一个或几个子离子，即可提取母子离子对的色谱峰进行定量，线性范围可达 5 ~ 6个数量级；(3) 同时定性与定量分析，二级全扫描谱图用于定性分析，选择其中最佳的子离子提取离子对即可完成定量分析。

与传统蛋白质定量方法（Western/ELISA）相比

参考文献

[1] Xingye Xu，et al., 2018, The first whole-cell proteome- and lysine-acetylome-based comparison between Trichophyton rubrum conidial and mycelial stages，Journal of proteome reseach.

Benjamin B. Sun, et al.（2018）Genomic atlas of the human plasma proteome，Nature.  DOI: 10.1038/s41586-018-0175-2.

[2] I-Hsuan Chen, et al. Phosphoproteins in extracellular vesicles as candidate markers for breast cancer, PNAS, 114, 3175 (2017).

[3] Petra, M. et al. Targeted proteomics analysis of protein degradation in plant signaling on an LTQ-Orbitrap mass spectrometer. Journal of proteome research 13, 4246 (2014).

[4] Florian Beck , et al., 2017, Temporal quantitative phosphoproteomics of ADP stimulation reveals novel central nodes in platelet activation and inhibition. Blood 2017 129:e1-e12.